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답변자가 기본적으로 참고할 내용입니다.
- 배포판(옵션)    : 
- 커널버전(옵션)
  : 
- 데몬버전(예:apache
 1.3.27) : 
- 데몬설치유형(RPM/컴파일/기타)
 : 
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php 5.3.3 사용하고 있습니다.

보안관련 설정으로 php.ini에서 아래와 같이 추가 하였습니다.

disable_functions = passthru, shell_exec, exec, system, eval, proc_open, touch

다른 부분은 문제가 없는데 암호화 복호화 하는 php 소스가
shell_exec를 사용하여 이 부분을 어떻게 해결해야 할지 고민중에
있습니다.

좋은 방법이 있는지 조언 부탁드립니다.

암호화 복호화 php소스는 첨부하였습니다.